十六世纪中叶天主教在意大利北部特里腾城召开的大公会议，是教会进行空前大改革，走入现代的里程碑。促使教会进行大改革的因素很多，但最显明的近因该是德国马丁．路德所引发的宗教改革运动，以及因此所产生的继东正教之後，教会内部的第二次大分裂。

然而历时十八年，中辍了两次的特里腾大公会议，虽然经过百般的挫折，终得以圆满结束，但这次大公会议并没有解决宗教改革运动所引发的各种神学问题。那些没有解决的问题继续存在，於是争论也在教会内延续下去。

就在这个时候，科学有了新的进展和发现，尤其在天文物理学方面有了惊人的突破。这些突破 教会传统的圣经观念有了重大的出入。於是传统的圣经神学思想开始受到科学新知的挑战，而新的冲突和危机终於无可避免地爆发了。

那些曾在特里腾大公会议中扮演过重要角色的神学家们，如今都在教会内形成了一股新的势力，新的神学潮流，以护教为己任，以誓反教的思想为反驳的对象，凡是不利於教会传统的思想学说或风尚，都在打击之列。那个时期，正逢天文科学有了革命性的发现，对教会旧有的以圣经文字叙述为根据的宇宙观念产生了空前的冲击。所以，这些新的天文科学观念和理论很自然地也成了那些神学家口诛笔伐的对象。这些神学家中的代表人物是意大利籍的耶稣会士，圣罗伯托．贝拉尔米诺(ST.ROBERTO BELLARMINO,1542-1621)。这位在本世纪二十年代(一九二叁年)被庇护十一世教宗列入圣品，又在一九叁一年被同一位教宗宣布为教会圣师的耶稣会士，当时在罗马是 誓反教争辩的掌门人，他曾参与了两个西方历史和教会历史上的重大宣判案件：一项是判决意大利哲学家 天文学家焦尔达诺．布鲁诺(GIORDANO BRUNO,1548-1600)为异端者，并处以火刑，因为他维护波兰天文学家哥白尼(COPERNICO)的自然哲学思想。另一项则是宣判意大利物理和天文学家加利略的"太阳为世界中心论"为异端。

说到这里，我们已经触到核心问题和核心人物。特里腾大公会议之後，在罗马以驳斥誓反教为己任的神学家们，以圣罗伯托．贝拉尔米诺为主将。他们反驳誓反教外部的问题，但是驳斥或审判自然科学家的理论和新发现，则是教会内部非常重要 细腻的问题，特别是那些科学家本身就是神职人员或良好的教友时，更非同小可。不幸的是，所发生的事正是如此，因为哥白尼是波兰的神职人员，而加利略则是热心教友，他的女儿是位修女。

哥白尼(NIKOLAJ KOPERNIK，1473－1543)是一位神父，一四九六年二十叁岁时来意大利中北部的波洛尼亚、帕多瓦和费拉拉几个名城的大学研究数学、天文学、法律和医学，但对天文学的兴趣更大，也更有成就。直到一五零七年一直研究天体的运行，并形成了他的"太阳中心理论"。一五四叁年他去世之前，曾发表"天体运行革命"一书，并把这部伟大的革命性创作献给当时的教宗保禄叁世。

我们知道在哥白尼创立太阳为世界的中心理论之前，世界和教会都遵奉第二世纪埃及天文学家托勒密(PTOLEMY)的学说，认为地球为宇宙的中心，地球固定不动，其他的星宿都环绕着地球运行。现在，哥白尼的天体运行学说把一千叁百年来的传统观念都打翻了，这不得不令当时所有的人震惊。哥白尼以为：不是太阳环绕着地球运转，而是地球一方面自转，而且也环绕着太阳运行。

事过了五十多年，来自意大利比萨的物理和天文学家加利略(GALILEO GALILEI,1564-1642)，以及来自意大利南部诺拉，曾为道明会会士的哲学 文学家焦尔达诺．布鲁诺，两人再度肯定并主张哥白尼的太阳中心论时，罗马受到空前的震撼。为什麽呢？因为罗马的神学家们，其实誓反教的神学家们也一样，他们一致认为哥白尼的天体运行学说和圣经所肯定的话背道而驰。

旧约圣经"训道篇"(QOHELET)第一章第四和第五节说：「一代过去，一代又来，大地仍然常在。太阳升起，太阳下落，匆匆赶回原处，从新再升」。旧约圣经"若稣厄书"第十章第十二、十叁节更记载说：「上主将阿摩黎人交於以色列子民的那一天，若稣厄当着以色列人面前对上主说：太阳！停在基贝红！月亮！停在阿雅隆谷！太阳果然停住，月亮站住不动，直到百姓报复了自己的仇敌。这事岂不是记载在"义士书"上了吗？太阳停在空中，没急速下落，约有一整天」。

上面引出来的两段旧约圣经文字，是十六、十七世纪罗马天主教神学家们驳辩哥白尼、反驳焦尔达诺．布鲁诺 加利略，并定他们的罪的主要论据。当焦尔达诺．布鲁诺於一六零零年被判以火刑烧死的时候，哥白尼早已去世五十七年了。他的审判案件拖了七年之久，最後的判决是他从哥白尼学说所归纳出来的结论远离了基督信仰。过了几年，加利略这位笃信天主的科学家大胆地说：在圣经内，天主圣神的旨意不在指出天体是怎样运行的，而在告诉人怎麽升天堂。

无论如何，加利略的学说在一六一六年首次遭处罚，他的太阳为地球中心论和地球自转论被判断为错误的思想。加利略屈服了，哥白尼的书也被查禁了。可是十六年後，一六叁二年，加利略写了一本"世界最大体系对话"的书，再次拥护哥白尼的学说，也因此，一年後又遭提审判决，命令他跪地公开认错，随即予以监禁。其实，那是居家遭软禁。他先住在朋友家，後又迁到佛罗伦撒附近自己的别墅里，继续他的科学研究工作。九年後，一六四二年死在别墅里。从此，教会 科学界之间的误解和对立日渐加剧，造成後世的人以为天主教会反对科学这种不幸的观念。

这种不幸的误解和观念持续了叁百多年，期间教会和世俗的科学界的关系并不良好，更谈不上彼此的密切合作。虽然如此，教会并没有放弃客观方面的自然科学研究，它虽然 世俗科学家少有往来，但自己却也不忘在自然科学上下工夫。叁十多年前结束的梵二大公会议在"论教会在现代世界牧职宪章"中承认科学应有独立自主研究的领域，也承认历史上由於偶然的原因，而造成了文化 基督信仰培育之间的冲突。

一九七九年秋，教宗若望保禄二世向宗座科学院说：必须重新审察加利略的案件，务使这位意大利伟大的科学家获得应有的平反