公元一八七Ｏ年普法战争中，法国战败，皇帝拿破仑丧失被俘，於是在巴黎和里昂两大城市发生反神职、反修会。反教会的暴动。提埃尔（THIERS）所领导的政府 出兵镇压，双方短兵相接，丧生者不下叁万。此後，法国天主教得到大约五年休息喘气的时间，多少恢复了一些精力。五年过後，政府渐渐落入共和党人手中，这些共和党人对教会不怀好意，於是教会又开始陷入困境，被政府逼得几乎走投无路，那是名符其实的迫害教会的行动与时期。
面对法国教会的困境，教宗良十叁世颁布一道名叫"在挂虑中"（INTER SOLLICITUDINES）的通谕，希望法国天主教徒以公正的方法来向政府争取合理的法律，但不要反抗政府或与政府作对。在这道通谕颁布前七个月，也就是一八九一年五月十五日，良十叁世教宗已先颁布了天主教有史以来第一道有关社会问题、名叫"新事物"（RERUM NOVARUM）的通谕，表明教会当局对社会主义和无政府状况的极度忧虑。
这两道通谕纾解了新一代的天主教神职人员和教友的心结，使十九世纪九十年代法国的天主教会如沐春风地在社会和政治上更新了面目。当时教会的组织和报纸都以"基督民主政治为依据和号召，甚至有成立"基督民主党"的计划，所有主张民主的神职人员，新闻从事人士、演说家和国会议员等等的，都联合发起一种具有多方面性质的全民运动，神职人员更在一八九六年和一九ＯＯ分别在兰斯和布尔日两地举行两次全国性大会，讨论如何推动适应新时代需要的牧灵工作，他们的口号是"行动与事业"。不过有些主教和反对民主制度的人担心这种新思想新作风使神职人员世俗化。
正当法国新一代的神职和教友在积极推动新时代的教会生活之际，一八九四年发生了一件原来和宗教无关，後来却使天主教卷入大灾难的事件。那年，一位犹太裔的法国军官阿尔弗雷德．德雷菲斯（ALFRED DREYFUS, 1859-1935）以德国间谍罪名被判无期徒刑。案件本身有些离奇、曲折不明。四年後案件再度被提出来重审。重审之际，法国竟分裂为两大阵营，天主教徒站在民族主义和反对犹太人这一阵营，所以都以为德雷菲斯罪有应得。根据当时天主教报纸的言论，天主教的种种祸患都来自加入共济会的犹太人和誓反教徒之间的阴谋。於是，一般天主教徒在没有分辨事理之前，便一味地支持对犹太人和共济会员的控告。
从政治立场来看，那时法国的天主教徒似乎是站在反对德雷菲斯的极右派这一边，他们的态度给另一派的人造成危害共和国的印象。就在一八九八年，法国产生了一个保皇民族主义运动，名叫"法兰西行动"，这个运动吸收了许多天主教徒参加。这一来，先前鼓励教友接受第叁共和国的努力终於前功尽弃。然而，从整个大局势看，主张德雷菲斯无罪的那一阵营在政治上是占了优势，他们於是决定打击那些被认为破坏共和国安全的人，这一来，天主教便首当其冲。
当时法国总理瓦尔德克．鲁索（WALDECK KOUSSEAU）开始拟定一些反对天主教修会的法律，凡是被认为政治化的修会团体，都在打击之列。那个时期，法国有不少新兴的修会团体，为了在完全俗化的社会中保持教会的生活和教友的信德而诞生。这些团体当然没有必要向敌视教会、与教会竞争的政府机关登记。可是现在，这些修会团体都成了法律取缔的对象。政府当局指责这些修会从事政治活动，拥有大量财产，不尊重人权，唆使部分青年反对拥护共和国的青年。
一九Ｏ一年七月九日，法国政府制订法律，要求天主教修会团体必须向众议院和参议院申请许可登记，但对社会民间一般社团却很放任。次年，一九Ｏ二年，新总理埃米尔．孔布（EMILE COMBES）把先前制定的法律变成一条攻击教会的法律。有谁会料想到这位原来准备晋升司铎的修道生，摇身一变，成了政府首脑之後，竟凶猛地对待教会，把叁万所没有向政府立案的教会学校关闭，而且除了几个向海外传教的修会之外，其馀的修会一律不准再向政府申请成立许可。最後，在一九Ｏ四年，任何修会，即使政府认可的，都不准再从事教育工作。
到此，无数的男女修会团体都被打得落花流水，会士修女被迫关闭会院，他们或还俗、或流亡海外，生活没有着落，年迈的会士修女被扫地出门，情况更是可怜。至於一般好教友，他们在政治、教育和军队中都被排斥，遭歧视，甚至列入黑名单，时常受监视。教友举行宗教礼仪游行时，常遇到暴力的攻击，有时还造成人命伤亡。大街小巷凡是以教会圣人取名的，都被换掉，代之以共和国英雄和科学家的名字。法国历史中对教会和教会团体的歧视与打击，到此达到顶点。
其实，法国与罗马圣座在拿破仑即位後，便签署了协定，规定教会在法国享有的权利和义务，如今，这项协定跑到哪里去了呢？不仅如此，，某些次要细微的问题竟导致法国在一九Ｏ四年七月与梵蒂冈断绝外交关系。从此，法国走向政教分离的局面。天主教徒虽然持着一百年前拿破仑与罗马圣座签署的协定，为教义和财务问题据理力争，但某些主张政教分离的人却企图把那项签定当作使国家不再具有基督信仰特徵的工具。
时候终於来到了，一九Ｏ五年十二月九日法国政府颁布政教分离法律，承认信仰自由，但是取消国家对宗教事务的预算；教会产业归由教徒组织的文化社团。一八Ｏ一年法国拿破仑与罗马圣座签署的协定被法国政府片面废除，理由是签约的另一方，即罗马教宗，事先没有获得协商。
对法国政府这一连串的举动，罗马教宗庇护十世先於一九Ｏ六年二月颁布一道名叫"剧烈"（VEHEMENTER）的通谕加以谴责，又於同年八月禁止法国天主教友创立不尊重教会圣统体制的文化社团。教宗的谴责和禁令没有发生什麽作用，法国天主教会被迫不得不放弃修院，神职人员的住宅，主教公署等等的，这些房地产都被充公，交给民间团体。当然，为了执行法律，一切都得秉公办理，而事实上，为了不使紧张的局势恶化，不少圣堂和神父住宅仍然继续让神父和教友使用。
事到如此，法国天主教徒心中的痛苦和创伤之深可想而知。那里的教会经过这一场全国性的洗劫，已经贫穷到极点，从一九Ｏ五年到一九一四年第一次世界大战爆发前夕，法国晋升司铎的人数少了一半。教会为了生存和继续执行它的使命，只好呼吁教友捐献，支持教会的需要。部分神父为了生活，竟出去作工干活，他们甚至在一九Ｏ六年成立了司铎工人联盟。许多天主教徒被逼上梁山，更向极右派的"法兰西行动"靠拢。
塞翁失马，焉知非福：从长远看，法国政府二十世纪初年制定的政教分离法律对天主教不无好处，因为教会陷入贫困，无所依据的绝境後，社会上那些反对教会，反对神职修会的嚣张之气再也没有用武之力，於是敌视教会的气 不吹自灭。更可贵的是，不再依赖政府津贴的法国天主教会从此不再感受到任何外来的压力，虽然清苦，却完全自由。当初拿破仑与罗马圣座签署的协定被第叁共和政府单方撕毁後，法国的主教们却从此得以自由自在的集会，讨论全国的牧灵事宜。教会也可以按照自己的需要和状况来建造圣堂，设立本堂区。最重要的是法国主教们从此与罗马教宗的关系更为直接与密切，教宗更不必顾虑法国政府的态度，可以直接任命法国各教区的主教。